Google Analyticsの新旧のヴァージョンについてです。
将来的には新しいものに移行していくとおもわれるので、比較してもしようがない話ではあるのですが、自分では両方で適時切り替えながら使っていますのでその感想として——
デザイン
新しいヴァージョンのほうが全体として見やすい印象です
Firefoxで、ウィンドウが全画面表示でないときに、フィルターをかけたときなどに崩れる場合がありました。（Chromeで調整されているのかな）
左のカラムで新ヴァージョンのほうは折りたたみ式が増えたかな、というのが少し気になってます。折り畳み、展開方式はクリックがいいのかホバータイプがいいのかとか、人によって好みは分かれそうなところです。
一方、旧ヴァージョンでは折り畳み展開ではなくて表示の読み込みによって（カテゴリごとで）メニュー展開というかたちになっていました。
レポート
レポートについては、新しいヴァージョンのほうが機能としては、より多くの機能を持っています。（いずれ切り替わるのですから、新しいほうに積極的に機能を追加するのは当然のことですけれども）
特にスマートフォンなどの携帯端末のレポートや、リアルタイムという機能などは魅力的なものかとおもいます。
リアルタイム解析についての個人的な感想は、どちらかというとサーヴァのログに基づいた「生ログ」とか呼ばれるようなのが欲しかったりするのですね。。ビジュアルとしては面白いのですけど、期間での統計としてをメインに使う者としては特に必要もないのかなあと。
時系列のレポートですが、新しいほうが縦長のタイムテーブルのようなのが減ったように感じます。自分がまだ使いこなせていないからなのかもわからないのだけど、Flashの折れ線グラフだけで時間軸をみるのは頭の切り替えが少し必要でこの部分が未だに古いヴァージョンで使っていたりする点ではあります。
追記：旧版のAnalytics へのリンクは現在では削除されています。参照