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Google Analytics のレポートにコンテンツ＞サイトコンテンツ＞ディレクトリ というところでフォルダの構造ごとの表示があります。
以上、新しいほうのAnalyticsにおいてですが、ヘルプメニュー（左の下部にレポートごとのヘルプがでる）によれば、最大で第4階層まで掘り下げることができるといった内容が記載されています。
ということで、Analytics上の都合だけにあわせるのであれば、ブログの記事パーマリンク等はあまり深い階層にしておかなくてもいいというのはあると思います。というのも、年月日といった時系列なディレクトリの構造ならば、Analyticsのフィルタを使うという方法もあるわけで。
過去にMovable Type 3から4への移行のときベースネームを引き継がないということから日付ベースなURLをマッピングに設定というのがありましたが（自分もそのくちだったかもしれません）、これからMT4以降で始めるというひとは特に日付をベースにしたURL設定にしてなくても特に問題はなさそう（記事ごとのベースネームについては一意なものをつかうという条件はあります）。
ということで、ひとによって好みとか使い方があるので一概にはいえないですが、第4階層までがサポートされてますという話でした。GAの新しいほうはUIがかわってきて前より使いやすくなったという印象です。