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たまたま google 検索にヒットしたサイトをみかけてしまったので。本当に個人的なメモです
Movable Type で前のバージョンのディレクトリを一時的に mt-old とかに変更して、新しいほうの、mt-5.x ディレクトリを mt とかにリネームするという手順をよくやるわけですが。
不具合などの確認さえすめば必要はなくなるはずなので、削除するとか、ローカルに落としておくとか、パーミッションを変更する、あるいはmt-config.cgi は削除しておくとか、不可視にしておくなどを忘れないようにします。
(Movable Type 個人無償で提供されているものは規約上、アップデート作業等以外必要がなくなった場合はすみやかに削除します)