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Xcode を4.3 から 4.5 にアップデートして、Command Line Tools を設定からインストールした後で、ディスクユーティリティを起動させたら、Xcode.CLTools.10.7-4.5.7.dmg というファイルが表示されていました。
スクリーンキャプチャを撮り損ねたので、正確なものでないのですが、楕円形で囲ったあたりにファイル名がでているような状態です。
再起動させてみても表示されたままでしたので、ここに出てこないほうが正しいのだと思います。
対処方法を先に書くと、対象ファイルを選択してコンテキストメニューを表示、削除を選択することでディスクユーティリティに表示されないようになりました。
このディスクイメージファイルのある場所ですが、ユーザのライブラリ、Caches/com.apple.dt.Xcode/Downloads 以下です。
上記の操作をおこないますと、対象となる.dmgファイルは ユーザ/ダウンロード 以下に移動となりました。ディスクユーティリティに表示されていた段階でMacPorts から任意のライブラリのインストールを試みましたが、特にエラーは出ていませんでした。
ということで原因は不明で解決できているのかどうかもわからないですが、とりあえず行なったことのメモとしてあげておきます。