ファビコンが(オリジナル：http://marksanblog.vox.com/library/post/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%93%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%81%8C.html)。。のその後です
結局ログを見る限りでは特定ドメインからが集中してることが分かり、<Files>ディレクティブで調整することに。
そのロジックでいくと、ドキュメントルートにicoを置かないとして、404が返るのでなかろうか。アクセスをdenyにしようがnot foundであってもどっちにせよログに記録されることに違いはなさそうに思います。
それはまあどおでもいいんだ。たかだかファビコンで神経尖らせるのもなんだし。一般のサイトのアクセス数からすればそんなものはと微微たる数値で、たまたまウチのとこみたいにアクセスの少ないとこが特定ファイルへのリクエストが目立っていただけの話。
ここで、「MT で動的生成を使うときの .htaccess をダメ出し」（亜細亜ノ蛾 – Weblog）という記事の内容が頭を過ったのです。
MT5でもドキュメントルートから全サイト管理できるようになってますが、まずいないとおもうけどドキュメントルートからダイナミックなページ作られてたらこのケースどうなるん。――て。。知識が乏しいんでそこら辺よくわかんないけども。
最後に「favicon.ico へのアクセスが原因でセッションが維持されない場合がある」の引用部分（引用元が不明なので誰の文であるかまでわかりませんが）、気になったので引用（抜粋というのかこの場合？）させていただきます。
そもそも favicon.ico へのリクエストをお気に入りへの登録時に限っていたのはリクエストによるネットワーク トラフィックとサーバー負荷の増加への配慮であったと考えられる。しかしながら現状ではその程度のリクエストでトラフィックや負荷の増加が問題になる事より、ユーザーへの見た目の分かり易さなどのエクスピリエンスの方が重視されているという事なのだろう。